А оно не сломает архитектуру хоста? Меня же придется по-другому тогда интегрировать в основное приложение?

А какую архитектуру хоста оно может сломать?

Логику и стандарт подключения внешних ресурсов. Если, допустим, все подключаются через ModuleFederationPlugin, а я приду в виде компонента.

Модуль федерейшн это модули. Вы можете точно так же прийти в виде обычного модуля который просто предоставляет веб компонент